In der Merkator-Bestandsführung können Lagereingänge und Abgänge gebucht und Umbuchungen geführt werden.
Die verbuchten Lagereingänge, Umbuchungen und Ausgänge gehen in die Bestandsführung ein, die als Basis für die Durchführung der Bestands- und Materialbewertung dient. Merkator verfügt über eine flexible Bestandsbewertung über die z.B. Durchschnittspreise, letzter EK, Herstellkosten und Bewertungspreise ermittelt werden. Das Modul Lager greift hierfür auf Informationen aus den Stammdaten anderer Module zurück, wie z.B. die Bewertungskennzeichen aus dem Artikelstamm.