Die Projektverwaltung in Merkator bietet die Möglichkeit, mit der Zuordnung zu Projekten verschiedene Vorgänge mit einer zusätzlichen Datenklammer zu bündeln. Im Projektcenter lassen sich Artikel, Einkaufs- und Verkaufsaufträge und Positionen, Fertigungsaufträge, Tickets und Lagerbuchungen sowie Kontakte und Dokumente zu einem Projekt zusammenführen.