Hinter dem Menüpunkt System verbergen sich in Merkator verschiedene Funktionen jenseits des Geschäftsprozesses, die mit der Konfiguration des ERP selbst zu tun haben. Dazu gehören z.B. die Vergabe von Benutzerrechten oder Stammdaten wie z.B. für den Betriebskalender und Nummernkreise.
Das Menü System ist in der Regel nur für Key-User oder Systemadministratoren im Unternehmen zugänglich.